Pian Magnitski vangittiin ja hänen työantajansa yhdysvaltalainen investointipankkiiri Bill Browder evakuoi koko toimistonsa väen Lontooseen. Magnitskia ei saatu vapaaksi ja hän kuoli epäselvissä olosuhteissa Moskovalaisessa Matrosskaja Tišinan tutkintavankilassa. Venäjän presidentin alaisen ihmisoikeuskomission mukaan Magnitskilta evättiin lääkärinhoito ja häntä pidettiin kidutusta vastaavissa oloissa.

Magnitskin tapauksesta on tullut Venäjällä viranomaisten mielivallan symboli. Mutta traagisella kuolemalla on ollut myös kauaskantoisia seurauksia.

Länsimaat ovat ryhtyneet koviin vastatoimiin koska Venäjän viranomaiset eivät ole olleet yhteistyöhaluisia tapauksen selvittämisessä. Yhdysvalloissa hyväksyttiin vastikään niin sanottu Magnitski-laki, joka evää viisumin noin 60:ltä Magnitskin kuolemaan tavalla tai toisella osallisena pidetyltä virkamieheltä. Listalle joutuneiden amerikkalaiset pankkitilit on myös jäädytetty.

Venäjä on viisumikiellosta raivostunut. Vastatoimena Venäjä kielsi kaikki lasten adoptoinnit Yhdysvaltoihin.
Novaja Gazeta –lehden varapäätoimittaja Sergei Sokolov sanoo, että kyse ei ole vain Magnitskista vaan syvälle Venäjän hallintoon juurtuneesta järjestelmällisestä korruptiosta . Sokolovin mukaa Venäjän johto pelkää EU-maiden seuraavan viisumikielloissa Yhdysvaltain esimerkkiä.

- He pelkäävät Schengen-viisumiensa puolesta. Heille sen menettäminen olisi karmea isku: He taistelevat Rivieran villoistaan ja mahdollisuudesta lähettää lapsensa Lontooseen opiskelemaan.

Magnitskin paljastaman veropetoksen jälkiä on ryhdytty etsimään länsimaisista pankeista ja tutkinnat ovat levinneet jo ainakin Itävaltaan, Sveitsiin, Moldovaan sekä Baltian maihin. Verovirkailijoiden hankkimia kiinteistöjä on löydetty mm. Dubaista.

Virallinen Venäjä ei ole tutkintaan osallistunut ja pitää ainoana syyllisenä koko tapauksen paljastanutta Magnitskia. Tämän sinetöimiseksi Venäjän syyttäjäviranomaiset ovat lähteneet voimakkaaseen hyökkäykseen. Moskovalaisessa alioikeudessa käydään oikeutta Sergei Magnitskia vastaan mutta syytetyn tuoli on tyhjä. Edes Venäjällä ei ole aikaisemmin tuomittu kuollutta ihmistä.