Poikkeustilan keskeisenä tapahtumapaikkana on turvapaikanhakijoiden vastaanottokeskus, VOK. Päähenkilöinä ovat vastaanottokeskuksen työntekijät ja asukkaat, eri maista tulleet turvapaikanhakijat. Vastaanottokeskukseen etsitään uutta johtajaa, ja Ilkka Saario, työministeriön maahanmuuttotiimin johtaja, järjestää paikan tyttärelleen Emma-Liisalle.

Poikkeustila on punottu neljästä tarinasta. Päähenkilön Emma-Liisan tarina on nuoren naisen kasvu voimakassieluiseksi johtajaksi, joka kamppailee saavuttaakseen henkilökuntansa ja asiakkaidensa luottamuksen. Emma-Liisa joutuu paitsi puolustamaan oikeiksi uskomiaan toimintatapoja, myös uhmaamaan isäänsä. Pakolaisten tarina kertoo rajujakin kohtaloita kokeneista ihmisistä, jotka etsivät Suomesta alkua uudelle elämälle. Suuri osa Poikkeustilan turvapaikanhakijoiden elämäntarinoista perustuu tositapahtumiin. Henkilökunnan tarina kertoo työntekijöiden keskinäisistä suhteista ja suhteista asukkaisiin, sekä työyhteisön reaktioista hallinnollisen muutosuhan alla. Taustalla on viranomaistarina, joka on poliittista draamaa. Tarinan takana on sisäasiainministeriön turvallisuusosasto, joka aikoo siirtää vastaanottokeskukset hallintaansa.